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Jun 10, 2023

Des chercheurs évaluent les approches de spectrométrie de masse pour l'identification des moisissures

16 janvier 2023 Ce

16 janvier 2023

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par l'Université Chung Ang

Ces dernières années, des champignons filamenteux ou des moisissures sont apparus comme agents responsables d'infections potentiellement mortelles chez les personnes immunodéprimées. La prise en charge rapide de ces infections nécessite un diagnostic rapide et précis des moisissures en milieu clinique.

Malheureusement, les méthodes traditionnelles prennent du temps, étant donné les longues périodes d'incubation nécessaires pour cultiver et examiner les moisissures. D'autre part, les techniques moléculaires avancées sont plus sensibles et efficaces.

L'une de ces techniques permettant de détecter des isolats fongiques filamenteux avec une sensibilité et une reproductibilité élevées est la spectrométrie de masse à temps de vol avec ionisation par désorption laser assistée par matrice (MALDI-TOF MS). Il peut différencier les échantillons en fonction des variations de masse et de charge. Cependant, il n'est pas largement utilisé en raison des limites de disponibilité de la base de données et du manque de procédures standardisées.

Récemment, une équipe de chercheurs de l'Université de Chung-Ang, en République de Corée, dirigée par le professeur Mi-Kyung Lee, a évalué trois approches MALDI-TOF MS différentes utilisées dans les contextes cliniques nationaux, pour l'identification des moisissures.

Dans leur étude publiée dans The Journal of Clinical Microbiology le 26 octobre 2022, ils ont comparé les performances et la précision diagnostique du Bruker Biotyper, ASTA MicroIDSys et Vitek MS. Ils ont également évalué la sensibilité de trois méthodes de prétraitement - "direct", "sur plaque" et "en tube" - en utilisant 84 isolats de champignons filamenteux.

Expliquant la justification de leur étude, le professeur Lee déclare : « La sélection d'une méthode de préparation d'échantillon appropriée peut améliorer l'efficacité et la précision de l'identification des moisissures. De plus, le développement de processus systématisés au niveau du diagnostic peut finalement contribuer à des traitements efficaces pour les patients.

L'étude a révélé que le Bruker Biotyper a identifié correctement 71,43 % des isolats jusqu'au niveau de l'espèce ou du genre, tandis que ASTA MicroIDSys et Vitek MS ont démontré des taux de précision de 70,24 % et 55,95 %, respectivement. De plus, la méthode directe de préparation des échantillons était favorable aux deux autres méthodes, en raison de sa simplicité et de sa facilité d'application. Notamment, la sensibilité d'identification ne différait pas significativement entre les différentes méthodes de préparation des échantillons.

Le taux d'erreur d'identification est une considération importante dans les laboratoires cliniques car il peut conduire à des interventions thérapeutiques inappropriées pour les patients. Dans cette étude, un seul isolat a été mal identifié en utilisant Vitek-MS avec la méthode sur plaque. De plus, l'identification au niveau de l'espèce d'Aspergillus (un micro-organisme très répandu et cliniquement significatif) était la plus élevée grâce à Vitek-MS, indiquant l'applicabilité de cette technique en milieu clinique.

Le nombre d'espèces incorrectement identifiées était de 17, 15 et 23 via le Bruker Biotyper, ASTA MicroIDSys et Vitek MS, respectivement. L'équipe a suggéré la nécessité d'évaluations supplémentaires en cas d'erreur d'identification due à l'absence de certaines espèces dans la bibliothèque plutôt qu'à une erreur. De plus, l'équipe a déterminé que toute différence de sensibilité pouvait être attribuée à des différences dans les bases de données du système.

En résumé, MALDI-TOF MS est une technique précieuse qui peut identifier avec précision les micro-organismes cliniquement significatifs en temps opportun. La normalisation des processus et les lignes directrices qui peuvent être appliquées à un large éventail d'espèces peuvent aider à réduire le biais de processus qui se produit grâce à ces techniques. De plus, les limitations liées aux paramètres d'acquisition, à la qualité de la matrice et au matériel nécessitent des évaluations supplémentaires.

Interrogé sur les applications de l'étude, le professeur Lee déclare : « Notre étude est la première à comparer la sensibilité et la précision de trois instruments MALDI-TOF MS ainsi que l'efficacité de trois méthodes de prétraitement pour l'identification des champignons filamenteux. Des résultats précis obtenus grâce à un processus simple et rationalisé d'identification des moisissures à l'aide de MALDI-TOF MS pourraient améliorer l'efficacité du travail de laboratoire pour les utilisateurs et l'efficacité du traitement pour les patients.

Plus d'information: Yoojeong Choi et al, Évaluation des performances de Bruker Biotyper, ASTA MicroIDSys et VITEK-MS et trois méthodes d'extraction pour l'identification des champignons filamenteux dans les laboratoires cliniques, Journal of Clinical Microbiology (2022). DOI : 10.1128/jcm.00812-22

Informations sur la revue :Journal de microbiologie clinique

Fourni par l'Université Chung Ang